Akmens ir žalvario amžius  (X tūkst. - I tūkst. pr. Kristų vidurys)

Prieš 12 tūkst. metų prasidėjus naujam atšilimo laikotarpiui, vanduo išraižė kalvų šlaitus, susidarė raguvos, o susiformavusios kalvos vėliau tapo piliakalniais. Prieš 9500 - 8000 m. pirmosios gyvenvietės kūrėsi pietinėje ir pietvakarinėje Pajautos slėnio dalyje. Vidurinė slėnio dalis buvo pelkėjanti Neries senvagė.

Pirmųjų gyventojų pasirodymas Kernavės apylinkėse siekia IX - VIII tūkstantm. pr. Kristų - epipaleolito laikotarpį. Manoma, kad jie palei Nerį atėjo iš pietvakarių, nuo dabartinio Kauno. Neries pakrantėse kūrėsi trumpalaikės medžiotojų, rinkėjų ir žvejų stovyklos.

Seniausių gyventojų - paleolito kultūros palikuonių - stovyklos Kernavėje buvo aptiktos Pajautos slėnyje, netoli Mitkiškių vienkiemio, pirmoje Neries terasoje, apie 100 m nuo dabartinio kranto. Čia rasta titnaginių strėlių antgalių, panašių į karklo lapo formos paleolitinius svidrinius antgalius, taip pat labai stambių, trumpų ir plačių gremžtukų, plačių skelčių - peilių. Viduriniame akmens amžiuje - mezolite (VIII - V tūkstm. pr. Kr.) - atšilus klimatui, pagausėjo augmenijos ir gyvūnijos. Greta medžioklės vis didesnį vaidmenį įgauna žvejyba. Nuo VIII tūkstm. pr. Kristų Pajautos slėnio gyventojai jau neapleidžia. Jie įsikūrė ir kairiajame Neries krante, šalia Mitkiškių kaimo. Čia surastos mezolitinės Kundos ir neolitinės Nemuno kultūros stovyklos, o ties Mitkiškėmis - ir virvelinės kultūros gyvenvietės, datuojamos III - II tūkstm. pr. Kr. sandūra.

Naujasis akmens amžius - neolitas (IV - II tūkstm. pr. Kr.) - sąlygojo tolesnį gamybos tobulėjimą, primityvios žemdirbystės atsiradimą. Neolitinės gyvenvietės Kernavėje yra Pajautos slėnyje, pušyne prie Neries, Semeniškėse abipus Kernavės upelio. Gyvenvietės kūrėsi ir prie Pragarinės ežero bei kitose vietose.

Žalvario amžius (II tūkstm. pr. Kr. - I tūkstm. pr. Kr. vid.) baltų žemėse prasideda su žalvario panaudojimu, o greitai ir jo gamybos įsisavinimu. Tuo laikotarpiu pagrindiniu maisto šaltiniu tampa ne medžioklė, žvejyba ar gamtos gėrybių rinkimas, o gyvulininkystė ir žemdirbystė. Auginami kviečiai ir miežiai, laikomos kiaulės, stambūs ir smulkūs galvijai, arkliai.

Įdomūs duomenys apie žalvario amžiaus gyvenvietes Kernavėje gauti 1985 m., tyrinėjant Pilies kalną, ir 1989 m. - Pajautos slėnį prie Mitkiškių vienkiemio.Antrajame tūkstantmetyje pr. Kristų Neries baseine formavosi pirmoji rytų baltų kultūra - brūkšniuotos keramikos kultūra.

Ankstyvasis geležies amžius   (V-I a. prieš Kristų)

Geležies amžius yra vienas iš trumpiausių žmonijos proistorės periodų. Jo ribos istorinėse baltų žemėse traktuojamos nevienodai. Manoma, kad Lietuvos teritorijoje jis apima laikotarpį nuo V a. pr. Kr. iki XIII a. vidurio - Lietuvos valstybės susiformavimo .Ankstyvasis geležies amžius yra glaudžiai susijęs su ankstyvesniu - bronzos amžiumi, brūkšniuotosios keramikos kultūra. Tai šios kultūros suklestėjimo periodas.

Daugiausia informacijos apie ankstyvą geležies amžių rytinių baltų žemėse turime iš piliakalnių tyrinėjimo. Piliakalniuose kūrėsi įtvirtintos bei neįtvirtintos gyvenvietės (Aukuro kalnas Kernavėje). Gyvenamieji pastatai - stulpinės konstrukcijos, su pastato viduje įrengtu židiniu. Žemdirbystės vaidmuo dar menkas. Vyravo gyvulininkystė. Nedaug turėta ir geležies, tai buvo tik geležies plitimo pradžia. Iš šio laikotarpio aptinkama nemažai akmeninių kirvių, kaulinių dirbinių.

Tai genčių, kultūrų, tarmių formavimosi bendros baltiškos kultūros terpėje periodas. Apie V a.pr. Kr. ėmė skilti baltų prokalbė. Šios epochos kapinynas Kernavėje buvo aptikti 1989 m. rudenį. Kapinynas yra dešiniajame Neries krante, Pajautos slėnyje, apie 90 m. į šiaurę nuo upės. Tai buvusios salos vieta tarp dabartinės Neries upės vagos ir uždurpėjusios senvagės. Kapinynas susiformavo senųjų akmens ir žalvario amžių gyvenviečių vietoje.Nustojus laidoti, pirmaisiais amžiais po Kristaus, čia vėl susiformavo gyvenvietė su vėlyvąja brūkšniuotąja ir grublėtąja keramika. Sodybų šioje vietoje būta ir XII-XIV a. 

Kapinynas plokštinis, sampilų pėdsakų nėra. Rasti trijų tipų kapai . Vienų mirusiųjų degintiniai kaulai supilti į paprastas duobutes, kitų - į kruopščiai įrengtas akmenų dėžes-krūsnis, dar kitų - į urnas. Rastos įkapės neapdegusios, jos buvo dedamos prie jau sudegintų palaikų.

Senasis geležies amžius  (I - IV a. po Kristaus, arba romėniškasis laikotarpis)

Tai baltų kultūrų "aukso amžius". Pradėjus gaminti geležį iš vietinės žaliavos, sparčiai kito materialinė kultūra, kasdieninė buitis. Pradėti gaminti geležiniai ginklai ir darbo įrankiai. Geležinis kirvis išstumia akmeninius ir bronzinius. Netenka savo vaidmens ir kauliniai darbo įrankiai. Pagrindiniu verslu tampa žemdirbystė, toliau plėtojama gyvulininkystė. To meto žmonės Kernavėje kūrėsi derlingame Pajautos slėnyje - neįtvirtintose gyvenvietėse šalia dirbamųjų laukų ir ganyklų. Gyvenvietė kūrėsi ir buvusio V-I a. pr Kr. kapinyno vietoje. Pirmųjų amžių po Kristaus kultūriniame sluoksnyje rasta geležies krosnelių liekanų, stulpinės konstrukcijos pastatų liekanų, grublėtosios ir kruopėtosios keramikos. Brūkšniuotos keramikos nedaug - ją keitė grublėtoji. 

Piliakalniai jau turėjo pirmuosius gynybinius įtvirtinimus. Su gyvenviete juos jungė slaptas kelias per pelkę - medgrinda. Tai seniausias Lietuvoje rastas kelias, turintis kietą dangą.

Šio periodo gyvenvietė aptikta į pietvakarius nuo Pilies kalno, prie Neries buvusiame ariamame lauke. 1984 m. 30-35 cm gylyje rasti sunykę III-IV a. gyvenamieji ir ūkiniai pastatai, ūkinės duobės, stulpavietės, geležies lydymo krosnelių liekanos. Maždaug 5-6 ha plote čia buvo įkurta neįtvirtinta gyvenvietė. Gyvenvietė dažnai nukentėdavo nuo pavasario potvynių ir apie V a. buvo apleista.

I-IV a. dar vadinamas romėniškuoju laikotarpiu. Iš šio laikotarpio išliko pirmosios rašytinės žinios ape mūsų protėvius. Romėnų istorikas Kornelijus Tacitas (apie 98 m. po Kr.), rašydamas apie germanus, pamini ir jų kaimynus aisčius, gyvenusius prie Baltijos jūros. Aisčiai verčiasi žemdirbyste, renka jūros išmetamą gintarą. Stiprėjantys prekybiniai ryšiai su Romos imperija ir provincijomis neaplenkė ir Kernavės. Pajautos slėnyje surasta II-III a. importinio stiklo bei 161-162 m. po Kristaus Marko Aurelijaus sidabrinis denaras.

Vidurinysis geležies amžius   (V-VIII po Kr.)

Viduriniojo geležies amžiaus materialinėje kultūroje ryškesnių lūžių neįvyko. Toliau buvo plėtojama žemdirbystė, gyvulininkystė, tobulėjo geležiniai įrankiai , gausėjo papuošalų.Nuo II a. pabaigos sparčiai nyko brūkšniuotos keramikos kultūra. I tūkst. viduryje, vykstant didžiajam tautų kraustymuisi, sudėtingų etnokultūrinių procesų pasekoje susidarė nauja - Rytų Lietuvos pilkapių kultūra. Šios kultūros žmonės - tiesioginiai lietuvių protėviai. Iš jų apie Xa. susiformavo lietuvių tautybė.

Apie I tūkstantmečio vidurį Kernavės gyventojai palieka Pajautos slėnį. Intensyviai apgyvendinami piliakalniai. Tai nulėmė drėgnas klimatas ir dažni priešų antpuoliai. Apie tai liudija ir stepių klajoklių palikti trisparniai strėlių antgaliai, susmigę Pilies kalne.

V - VI a., daugėjant gyventojų ir stiprėjant bendruomenių ryšiams, baltai galutinai suskilo į atskiras gentis. Kernavė tampa vienu iš Rytų Lietuvos gentinių centrų, vėliau su Vilniumi ir Trakais Neries baseine sudariusi lietuvių tautybės formavimosi branduolį. 

I - II tūkstantmečio sandūroje Lietuvos teritorijoje ir kaimyniniuose kraštuose vyko tolimesni ūkinio-socialinio gyvenimo pokyčiai, formavę feodalinio ūkio pagrindus. Susidarė Rusijos, Lenkijos ir Švedijos valstybės. Prasideda bandymai baltų gentis apkrikštyti, ir 1009 m. pirmą kartą paminimas Lietuvos vardas. Stiprėja kovos su kaimyniniais kraštais. Visi šie procesai daugiau ar mažiau palietė ir Kernavės tolesnį vystymąsi.Piliakalnių papėdėje laipsniškai formavosi gyvenvietė - viduramžių miesto prototipas. Stiprinami gynybiniai įtvirtinimai.

Kernavės miestas viduramžiais  (XII - XIVa.)

Nuo pirmo tūkstantmečio vidurio Kernavės gyvenvietė sparčiai augo. Intensyviai apgyvendinamos piliakalnių prieigos, Mindaugo sosto, Aukuro kalno ir Lizdeikos piliakalniai. XII a.pab. - XIII a. "Kernavė tapo svarbiu feodaliniu centru su miesto požymiais", vienu iš pirmųjų Lietuvos valstybės formavimosi centrų.

Pagrindinė kunigaikščio buveinė buvo Aukuro piliakalnyje. Ją gynė įtvirtinti priešpiliai - Mindaugo sosto ir Lizdeikos piliakalniai bei žvalgybinę paskirtį turėjęs Kriveikiškių piliakalnis.

Didžiausias (2 ha) piliakalnis - Pilies kalnas, gynybinio griovio ir pylimo saugomas amatininkų kvartalas - gynė kunigaikščio pilį iš šiaurės ir vakarų. Tai buvo tarsi "aukštutinis miestas", įsikūręs ketvirtoje upės terasoje.

"Žemutinis miestas" Pajautos slėnyje užėmė keliolikos hektarų plotą ir turėjo natūralias gamtines ribas - pelkes rytinėje ir vakarinėje dalyje, o pietuose siekė Neries upę. Po 1365 m. gaisro ir sugriovimų buvo stiprinami Pilies kalno gynybiniai įtvirtinimai, tačiau galutinai šie darbai iki paskutinio 1390m. pilių sunaikinimo taip ir nebuvo baigti. 

Sunaikinus pilis, nyko ir senasis viduramžių miestas. Esant aukštam gruntinio vandens lygiui, po upės potvynių ir pavasarinių polaidžių sąnąšomis gerai užsikonservavo medinės pastatų konstrukcijos, tvoros, gatvių grindiniai, namų apyvokos reikmenys. Praėjo beveik 600 metų, kol senoji Lietuvos Pompėja buvo atrasta (1986 m.).

Plokštelių paviršių gramdydavo, obliuodavo, šlifuodavo, ornamentuodavo, gręždavo.  Apkalimui naudojo ragines vinutes. Dauguma dirbinių - raginiai balnų apkalėliai, peilių kriaunelės, verpstukai, adikliai ir kt. Rasti unikalūs raginiai spaudai beržo tošiai ornamentuoti (muziejuje eksperimento būdu rekonstruota beržo tošies apdorojimo technologija).

Muziejaus ekspozicijoje, lankytojai gali pajusti viduramžių laikotarpio dvasią, susipažinti su autentiška to laiko buitimi. Dūminės pirkios rekonstrukcijoje atkurtas interjeras remiantis archeologinių tyrimų medžiaga.

Prekybiniai ryšiai   (XII - XIV a.)

XII - XIV a. Kernavė išaugo į svarbų viduramžių ūkinį centrą su išvystytais amatais, prekybiniais ryšiais. Daugiausia prekiauta su Senosios Rusios žemėmis. Per Senąją Rusią prekybos keliai vedė į Artimųjų Rytų kraštus. Prekybiniai ryšiai buvo palaikomi ir su kitais kaimyniniais Europos kraštais.

Iš Senosios Rusios buvo gabenami sidabro papuošalai, glazūruota keramika, stiklo dirbiniai. Daug importinių papuošalų iš svečių šalių randama XIII - XIV a. Kernavės - Kriveikiškių kapinyne.

Vėrinys iš įvairaus dydžio, formos, masės bei spalvos karolių, kauri kriauklelių bei vieno žvangučio. Vėrinį sudaro apie 400 karolių, 10 kauri kriauklelių.Viso tokių kriauklelių Kernavėje rasta 13 vnt. Tai labai reti radiniai Lietuvoje. Natūrali kriauklelių radimvietė - Maldyvų salos Indijos vandenyne.

Aptinkami papuošalai ir piliakalniuose bei Senojo Kernavės miesto teritorijoje. Prekiauta ir su Vakarų Europa, atskiri gaminiai Kernavę pasiekė net iš Artimųjų Rytų. Dauguma importuoto stiklo - Artimųjų Rytų gaminiai. Rasta stiklo likučių (Alepas, Damaskas, Fustatas. Radiniai eksponuojami). Tai prabangos daiktai, būdingi didžiojo kunigaikščio dvaro buičiai.Ne visi prekybiniai ryšiai mums yra žinomi, jie išryškės tolimesnių archeologinių tyrinėjimų pasekoje. Tik atsitiktinumo dėka (prasiskolino) mes žinome dviejų Kernavės pirklių Rameizio (1290 m.) ir Studile (1303 m.) vardus, minimus Rygos skolų knygose.

Viduramžių kapinynas  (XIII a. pab.-XIV a. pr.)

Kapinynas įrengtas smėlingos kalvos viršutinėje dalyje, ant IV viršsalpinės terasos, už 500 m į rytus nuo miesto. Kapinyną nuo miesto viduramžiais skyrė upelis, bei pelkėta Pajautos slėnio dalis. XIII-XIV a. Kernavės kapinyno medžiaga reprezentuoja miesto amatininkų bei pirklių bendruomenę, tačiau neatspindi viso sociumo. Čia nėra feodalinio elito kapų. Nerasta nei vieno ginklo, o jų dėjimo į kapus tradicija tuomet dar buvo gyva. Taigi, kariaunos nariai palaidoti kažkur kitur.

Kapinyno tyrimų duomenimis, čia palaidota ne mažiau, kaip 1570 kernaviškių. Laidojama buvo šeimomis. Aiški moters, kaip gimdyvės, giminės tėsėjos svarba bendruomenėje. Mergaičių ir moterų iki 30 metų kapai žymiai turtingesni negu vyresnių. Įkapių prabanga bei gausa kapinyno naudojimo laiko pirmoje pusėje rodo, kad Kernavės miesto klestėjimo laikotarpis buvo nuo XIII a. pabaigos, maždaug Traidenio laikų, iki XIV a. vidurio. Vėlyvi kapai gana skurdūs. Tai sietina su Trakų bei Vilniaus miestų iškilimu.

Tyrinėjant įkapes, aiškiai juntama slaviškos juvelyrikos tradicijos įtaka. Kai kurie dirbiniai yra tiesiog perimti iš slavų. Dalis jų galėjo būti pagaminti vietoje, tačiau slaviškos kilmės amatininkų.

Dauguma Kernavėje rastų apgalvių paauksuoti. Artimiausias tokios gamybos punktas galėjo būti Naugardukas.

Dalis kapinyne aptiktų įkapių tipų labai artimi jotvingių laidojimo paminklų dirbiniams. Jotvingių bėgimą į Lietuvą nuo rusų, o vėliau ir vokiečių mini ir istorijos šaltiniai.

Kernavės viduramžių archeologinių paminklų kompleksas reprezentuoja lietuvos miesto kultūrą ir bendruomenę XIII-XIV a. Tai buvo struktūriškai europinio konteksto darinys, tačiau, savitas savo vidujiniu dar pagonišku pasauliu sumišusiu su krikščioniškąja kultūra bei tradicija.